Поучительная сказка на ночь!

Кóралина Джонс вместе с любящими её, но постоянно занятыми работой родителями, переезжает на новое место жительства в город Ашленд (штат Орегон). Исследуя близлежащий лес, Коралина сталкивается с беспризорным чёрным котом и одиноким мальчиком Ва́йби Лова́том (англ. Wyborn Lovat[6], в русском дубляже — Закильберри, Заки). Мальчик дарит ей куклу, удивительно похожую на саму Коралину, которую он нашёл у своей бабушки. Кроме того, в том же доме, где живёт Коралина, проживают пожилые актрисы мисс Спи́нк и мисс Фо́рсибл, а также русский эмигрант-акробат Семен Остапович Боби́нски.

Исследуя квартиру, Коралина находит маленькую дверь, заложенную кирпичами. Помня о сне, в котором девочка видела «прыгающую мышку с глазами-пуговицами», она идёт к двери. Затем Коралина обнаруживает проход, простирающийся за этой миниатюрной дверью, который приводит её к точно такому же дому, в «Потусторонний мир». Прибыв туда, Коралина встречает людей с глазами-пуговицами, которые являлись копиями её матери и отца. Эти люди утверждают, что являются её «другими» родителями. Они показывают Коралине дом, который оказывается весьма роскошным и привлекательным. «Другие» мать и отец празднуют прибытие девочки восхитительным ужином, затем ведут Коралину в красивый, очаровательный сад. Они показывают своим видом, что очень любят Коралину, то есть здесь девочка якобы должна получить те чувства и вещи, которых она не имеет в своём реальном мире.

Заснув в потустороннем мире, Коралина просыпается в реальном мире. И в реальном мире Коралину предостерегают несколько раз: сначала Бобински, который якобы слышал от своих мышей, чтобы Коралина не ходила в маленькую дверь, мисс Спинк и мисс Форсибл гадают на кофейной гуще и говорят, что Коралину ожидает опасность, Вайби говорит о том, что он никогда не был в розовом замке, потому что это может быть опасно, и, наконец, реальная мама запирает ту самую дверцу и прячет от Коралины ключ от неё, говоря, что так будет безопаснее. Но, несмотря на кучу предостережений, Коралина продолжает посещать Потусторонний мир, где её также развлекают «другие версии» мальчика Вайби и соседей. Чёрный кот, который, находясь в Потустороннем мире, может говорить, сообщает Коралине, что «другая» мать и этот её мир — не более, чем набор ловушек, чтобы соблазнять детей, которые думают о том, что будто бы родители их не любят. Коралина отказывается верить кошачьим словам до тех пор, пока «другая» мать не предлагает ей остаться в Потустороннем мире, если она разрешит ей пришить пуговицы вместо глаз. Перепуганная девочка требует возвратить её к своим реальным родителям, тем самым возмутив «другую» мать, которая превращается в высокую, страшно худую, ужасного вида женщину и в наказание запирает Коралину в маленькой комнате позади зеркала. Там девочка находит трёх детей-призраков, попавших ранее в руки «другой» матери и отдавших ей свои глаза и душу.

С помощью «другого» Вайби Коралина сбегает в свой собственный мир, где обнаруживает, что её реальных родителей похитила «другая» мать.

«Настоящий» Вайби хочет забрать куклу, так хочет его бабушка, ведь это кукла её пропавшей в детстве сестры (чей призрак Коралина видела в чулане). Коралина понимает, что через эту куклу Ведьма наблюдает за миром и находит своих жертв, у которых не всё в порядке в жизни.

Взяв с собою чёрного кота и «камень наблюдения», который дали ей мисс Спинк и мисс Форсибл, Коралина возвращается в Потусторонний мир. Теперь задача девочки — освободить своих родителей и детей-призраков, для этого она бросает вызов «другой» матери, предлагая ей игру-сделку. Один за другим Коралина находит «глаза» детей-призраков (или, точнее, их души) и уничтожает чудовищных жителей Потустороннего мира, охраняющих эти души. Она также находит своих родителей и обманывает «другую» мать, тем самым открыв дверь в реальный мир. Однако не так просто оказалось избавиться от «другой» матери. Кисть её руки также проникает в реальный мир.

И хотя её родители находятся в безопасности (и не помнят о том, что с ними произошло), а дети-призраки отправились дальше в свою загробную жизнь, задача Коралины ещё не выполнена, поскольку соединяющая миры дверь все ещё существует, а «другая» мать непременно попытается завладеть находящимся у Коралины ключом. Коралина с помощью Вайби, спасающего её от ожившей кисти «другой» матери, сбрасывает ключ в заброшенный колодец.

В финальной сцене Коралина с родителями мирно работают в саду. Им помогают соседи, и родители Коралины уже не чуждаются их. Вайби приводит свою бабушку, миссис Ловат, и Коралина начинает свой рассказ.